2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
故事发生在孟买圣雄甘地国家公园之中，一群动物在森林里快乐的生活着，直到有一天，人类的伐木机驶向了这片动物们赖以生存的家园。小豹尤为（塔拉·斯特朗 Tara Strong配音）的父亲死于猎人的枪下，悲痛之中，尤为召集了森林里的动物们，为它们的未来出谋划策。 小猴巴酱（范妮莎·L·威廉姆斯 Vanessa Williams 配音）提议正式和人类开战，大熊巴嘎（布拉德·加内特 Brad Garrett配音）不同意巴酱的看法，它希望能够找到一条和平解决问题的道路。商讨之下，一干动物决定去德里国家会议抗议示威，之后却发现它们没有人会说人类的语言，除了淡泊名利只想安静生活的鹦鹉艾利克斯（汤姆·肯尼 Tom Kenny 配音）。
心理治疗师鲁本的梦境饱受“妖魔化”的名画侵扰，蒙娜丽莎、维纳斯全都成了骇人的噩梦怪物;若想一觉好眠，唯一的办法是偷走所有入侵他梦里的名画。为帮助鲁本脱离梦魇，他与四名身怀绝技的病人联手组团偷遍罗浮宫、泰特现代艺术馆等各大美术馆一场飞天遁地、瞒天过海的疯狂盗窃计划也就此展开...
On the eve of the annual Running Man competition, the players race against one another through a series of challenges to obtain the 'Super Belt,' a legendary item which make its wearer absolute ruler of the world.
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……
