故事发生在孟买圣雄甘地国家公园之中，一群动物在森林里快乐的生活着，直到有一天，人类的伐木机驶向了这片动物们赖以生存的家园。小豹尤为（塔拉·斯特朗 Tara Strong配音）的父亲死于猎人的枪下，悲痛之中，尤为召集了森林里的动物们，为它们的未来出谋划策。 小猴巴酱（范妮莎·L·威廉姆斯 Vanessa Williams 配音）提议正式和人类开战，大熊巴嘎（布拉德·加内特 Brad Garrett配音）不同意巴酱的看法，它希望能够找到一条和平解决问题的道路。商讨之下，一干动物决定去德里国家会议抗议示威，之后却发现它们没有人会说人类的语言，除了淡泊名利只想安静生活的鹦鹉艾利克斯（汤姆·肯尼 Tom Kenny 配音）。
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……
