故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......
地下世界，千奇百怪，不仅生活着兵马俑，还有各种各样的青铜文物复活的青铜兽和一种叫做“地犼”的地底原生生物。地犼与俑的战斗旷日持久，男主角蒙远是地下秦陵中一打杂的杂役俑，他和神秘少女史玉合作抓捕地犼、经历险境，不料却发现地犼与兵俑战斗不息的谜团，却因此遭遇更大危机......
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……
上古时期，神工与鬼斧合力将祸害人间的海域统领蛟魔王囚禁于江海交汇处。为束缚住强大的蛟魔王，鬼斧牺牲肉身化作元神，注入神工所打造的用于囚禁蛟魔王的法器中。封神大战结束，墨麒麟和小蛟龙屡次触碰囚禁法器企图释放蛟魔王。于是在姜子牙的推荐下，玉帝决定启用曾经的战神二郎神来执行缉拿墨麒麟的任务。可在捉拿的过程中，二郎神却陷入了一场巨大的惊天阴谋中。
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运……
