战国乱世，天下初定。德川幕府建立，拉开了最后一个武家王朝两百多年的序幕。时有乱臣之女阿福（松下由树 饰），因手刃猖狂的小妾而被丈夫休出家门。阿福满怀羞辱和悲愤，抛弃三个年幼的孩子来至江户。适逢二代将军秀忠的正室阿江与夫人（高岛礼子 饰）临产，阿福应征成为乳母。世子竹千代不久诞生，阿江与虽心怀不舍，却只能看着刚出世的孩子被交予乳母养育，从此在心中埋下仇恨的种子。此后的岁月里，阿福所抚育的竹千代以及阿江与养育的次子国松展开连番争夺继承人的斗争。

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1859年（安政六年），江户。土方岁三沉迷于挑战各大道场比武切磋。某日，土方造访了一个名为“试卫馆”的道场。这个道场的馆主，正是后来成为新选组局长的近藤勇。土方与近藤交战，却完败于近藤那压倒性的实力之下。为了超越这种强大，土方决定拜入试卫馆门下。数年后，近藤以及试卫馆的成员们以“护卫将军”为名，参加了新组建的浪士组，并作为其中一员前往京都。当时的京都，是一个聚集了来自全国各地、怀抱着各种背景与目的之人的异样都市。佐幕派、攘夷派、倒幕派混杂其中，暗杀、阴谋、政治博弈接连不断。此后，他们与芹泽鸭一派共同组成了以镇压活动中的攘夷派志士为目的的“壬生浪士组”。壬生浪士组由芹泽与近藤共同担任局长，土方、山南以及芹泽派的新见锦担任副长。但随着时间推移，试卫馆派与芹泽派的主导权之争愈演愈烈，双方不断发生冲突，局势日趋激烈。

本剧改编自宫部美雪的小说，讲述了日本桥通町一膳饭店的看板娘阿初从小开朗活泼，但以某事件为契机觉醒了能看见听见一般人看不见听不见的东西的通灵力量，从此与草食系武士学徒古泽右京之介组成凹凸搭档，共同面对并挑战怪异奇谈事件。最先是死去的男人苏醒了，不久后又发生了被认为是死人附身所致的杀人事件。杀人事件和死人附身，忠臣藏和颤动岩，两个谜团剧烈地起伏着，展现出了意想不到的联系…

关原之战后35年，日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而，某天突现可怕的怪物——“群凶”，它们袭击人类，以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶，并将相关地域焚毁掩盖真相。远离纷乱的多胡宿，曾是忍者的凛（木村文乃 饰）隐姓埋名，作为医生源三郎（高桥克实 饰）的助手，与无血缘关系的养女时（田牧空 饰）平静生活。某日，为了获取治愈时病症的药，凛远行至某村，却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地，恐怖异形的群凶袭来。这一刻，她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的时，凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时，一个仍保有人类意识，却变成“半群凶”的男子士郎（田中树 饰）被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历，为了解开身世之谜，踏上了寻找某人的旅程……

平侍出身、独眼的剑豪丹下左马之介（森山未来 饰），奉相马家当主大膳亮（每熊克哉 饰）之命，前往江户小野冢道场夺取传说中的一对妖刀“乾云丸”与“坤龙丸”。他以忠义为念拼死挑战，却在激斗中失去了右臂。幸得通缉犯阿藤（黑木华 饰）与与吉（加藤谅 饰）相救，奇迹般地存活下来，化名“丹下左膳”重生。此后，围绕妖刀的阴谋不断扩大，敌人接踵而至，连町奉行大冈忠相（高桥克典 饰）也卷入其中——一场关乎忠义与命运的江户风云由此展开。