创世晶石危机一触即发，为了阻止地球毁灭，奥特曼选择了看似平凡的小男孩乐乐作为自己的人间体，面对重重挑战，原本调皮捣蛋的小屁孩在奥特曼的引导下，成为拯救地球的关键人物，而奥特曼超能力的秘密也逐渐被揭晓……

二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？

夜深人静之时，罪恶同花顺利用全新的技术闯入银行抢劫名贵钻石，结果一番激战被蝙蝠侠（Kevin Conroy 配音）、超人（Tim Daly 配音）、神奇女侠（Susan Eisenberg 配音）、绿灯侠（Nathan Fillion 配音）、火星猎人（Carl Lumbly 配音）、闪电侠组成的正义联盟一网打尽，而关于先进技术的来源正义联盟却始终找不到线索。与此同时，豹女、镜子大师、星蓝石等大反派遇到了神秘的旺达尔•萨维奇（Phil Morris 配音）。萨维奇已经活了八万多年，他曾多次成为名垂青史的统治者。如今他希望毁灭并统治世界，而正义联盟无疑是挡在他面前最大的阻碍。他找来这群反派组成毁灭联盟，向正义联盟发起新一轮的挑战

这一集由蝙蝠侠连载同名故事改篇。
　　这一次故事从蝙蝠侠的助手Jason Todd——第二任罗宾被小丑谋杀开始，之后很长一段时间蝙蝠侠都活在悔恨的情绪中。在蝙蝠侠继续守护这个罪恶城市的多年之后，突然高谭出现了一位神秘的Red Hood。他以暴制暴地压制坏人，面对残忍的暴力就用更强大的暴力去镇压。这个横空出世的Red Hood一边让犯罪分子们头痛不已，一边也引起了蝙蝠侠的高度关注。而蝙蝠侠的死对头——小丑也一点不让他省心，继续制造多起麻烦。蝙蝠侠为维持正义、拯救城市，必须与神秘的Red Hood展开对战。Red Hood的真实身份是谁？他除了惩治罪犯还有其他目的吗？

在未来世界，由于痛失爱子，天才科学家天马博士（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）创造出了机械人阿童木（弗莱迪·海默 Freddie Highmore 配音），想以此来作为儿子的替身，寻找安慰。虽然，阿童木拥有博士儿子的情感和记忆，而且先进的程序还在不断完善其情绪，并让他富有同情心。可是，博士始终无法接受失子之痛，对阿童木也不能正确对待，并认为他不是人类而将其抛弃。阿童木沦落为无家可归的流浪儿，而且还备受军方的四处通缉，并最终被抓住。军方要求天马博士拿掉阿童木的能源，让它变成军方机器人的能源配备。在最后时刻，天马博士突然醒悟，并协助阿童木逃走。面对军方的围追堵截，阿童木奋起反抗，最终一场惊世大战一触即发。在不断的旅行过程中，阿童木也逐渐成长，他也接受了自己这机械与人类结合的设计，并肩负起全人类生死存亡的重任。

和平美丽的泰若星上女孩马拉（埃文•蕾切尔•伍德 Evan Rachel Wood 饰）与同伴塞恩（贾斯汀•朗恩 Justin Long 饰）在滑翔比赛游戏时突遇地球战舰，善良的泰若星人以为神明降临，结果竟被抓走，包括马拉的父亲。马拉驾驶滑艇将一架人类战机引入风洞，却好心救下中尉吉姆（卢克•威尔森 Luke Wilson 饰）和机器人吉蒂（大卫•克洛斯 David Cross 饰）。为了救回父亲，马拉帮吉姆修好了战机零件，并随吉姆和吉蒂进入人类战舰，却只发现汉默尔将军（布莱恩•考克斯 Brian Cox 饰）一意孤行决定占领泰若星，改造大气层，同时杀死全部泰若星生物。一场大战不可避免，泰若星过去的秘密也终被揭示出来……
　　本片获2008年加拿大渥太华国际动画电影节最佳动画电影大奖。