缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
　　“所以说过去的事情我不知道啦！”
　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——
　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

开发出新能源的迈尔斯伯爵召开世界杯赛车大奖赛，各路好手纷纷云集，独独缺了活塞杯霸主闪电麦昆（黄磊 配音）。原来他刚好回到温泉镇，与好哥们板牙（范伟 配音）、女友莎莉享受快乐的假期。由于意大利方程式赛车法拉斯·高的挑衅，当然也有吃醋的原因，麦昆最终同意参加世界杯，并带着板 牙等好友一同周游世界。在日本站比赛的前一天，板牙偶然结识了英国特工迈克飞弹和霍莉（姚晨 配音），他们正在追查一支犯罪团伙的新动向。板牙阴差阳错被霍莉当作美国来的接头特工，由此卷入了麻烦之中。在次日的比赛中，麦昆与法拉斯·高竞争激烈，与此同时不断有选手意外爆缸，板牙则撞见迈克和神秘组织火并的场面。

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。        

在经典的童话故事里，如梦如幻、色彩斑斓的天马之城，英俊的飞马王子（郑恺 配音）即将迎娶美丽的蓝马公主（白百合 配音），谁知婚礼现场却被抢婚的小矮马（刘红韵 配音）所破坏。飞马王子在追逐小矮马的时候遭遇意外，坠落到了青青草原。与此同时，草原上这个经典童话的结局也发生了改变。为了让痛哭流涕的大人们重新振作起来，也为了帮助飞马王子找回真爱，喜羊羊、美羊羊、懒洋洋、暖洋洋、沸羊羊以及小灰灰拿到了村长发明的飞行套装。在那个皓月当空的美丽夜晚，他们与王子一同飞上天空。在此之后，灰太狼和红太狼也紧随其后出发。
　　悲哀的童话能否找回快乐的结局？新一年的旅程，这些好朋友们又将经历怎样的冒险？